農(nóng)村污水處理與城市污水處理相比，最大的不利之處在于兩個方面的困難，一是保障設(shè)施建設(shè)，二是保障設(shè)施運行。這兩個方面的保障又分別涉及資金與組織管理兩個方面的問題，具體地說，就是設(shè)施建設(shè)資金籌集與建設(shè)水平保障、設(shè)施運行費用籌集與運行質(zhì)量保障。
    上述兩方面的保障困難由農(nóng)村或者鄉(xiāng)村污水的分散性所決定。大多數(shù)國家的大型集中污水處理的建設(shè)資金由市政當局提供，通過向居民收費來維持運行，少數(shù)國家主要從資本市場籌集，以向消費者提供服務的方式回收投資、維護運行并獲取收益。對城市而言，后一種方式也被證明是非常有效的。但是鄉(xiāng)村污水治理通過這兩個途徑籌資都不太容易。

    庭院自備型設(shè)施的建設(shè)和運行資金不僅依賴于家庭的支付能力還受家庭支付意愿的限制，鄉(xiāng)村管網(wǎng)型或者小區(qū)型設(shè)施的資金籌集也由鄉(xiāng)村或者小區(qū)的公共財力和組織能力所決定。這三種類型污水治理的盈利模式和前景還不明確，也難以從資本市場獲取資金。鄉(xiāng)村污水治理設(shè)施的建設(shè)水平與運行質(zhì)量，一方面受業(yè)主能力與意愿的影響，另一方面其分散性必然導致管理部門在監(jiān)管上的困難。盡管發(fā)達國家鄉(xiāng)村居民的資金能力與覺悟水平都比較高，但在治理鄉(xiāng)村污水時同樣面臨這些困難。我國由于長期以來所形成的城鄉(xiāng)二元化特征，必將使我國在鄉(xiāng)村污水治理方面面臨更大的挑戰(zhàn)。